1、体系不同
ISO22000是一个关于食品安全管理体系的国际标准，它可以指导食品链中的各类组织，按照最基本的管理要素要求建立以HACCP为原理的食品安全管理体系。ISO22000标准可以用于组织自我完善和日常管理规范检查的第一方内审。ISO22000也可以用于作为组织对其供应商第二方审核的标准依据，当然也可以用于第三方商业认证。
HACCP是由CAC(食品法典委员会，隶属FAO和WHO)于1997年，在更新《食品卫生通则》CAC/RCP1-1996，Rev.的附录时将《危害分析和关键控制点(HACCP)体系及其应用准则》作为建立食品安全管理体系的原则。
2、适用范围不同
从范围来说，22000适用于各个行业，HACCP适用食品及其相关行业。ISO22000内容涵盖食品各行业，可以与企业的各种制度、各种保证食品安全的措施管理体系(SSOP、GMP系列、HACCP等)整和;还有，HACCP主要针对食品生产企业，针对的是生产链的全部过程的卫生安全(对消费者的生命安全负责)，22000也包括卫生安全，不过它更具体化了，整合了HACCP和ISO9001：2000的部分内容，而且它除了能提高企业产品的安全保证以外，还能提高企业的管理能力。
3、ISO22000标准强调了“确认”和“验证”的重要性
“确认”是获取证据以证实由HACCP计划和操作性前提方案安排的控制措施有效。ISO22000标准在多处明示和隐含了“确认”要求或理念。“验证”是通过提供客观证据对规定要求已得到满足的认定。目的是证实体系和控制措施的有效性。ISO22000标准要求对前提方案、操作性前提方案、HACCP计划及控制措施组合、潜在不安全产品处置、应急准备和响应、撤回等都要进行验证。
4、ISO22000标准建立可追溯性系统和对不安全产品实施撤回机制
ISO22000标准提出了对不安全产品采取撤回要求，充分体现了现代食品安全的管理理念。要求组织建立从原料供方到直接分销商的可追溯性系统，确保交付后的不安全终产品，利用可追溯性系统，能够及时、完全地撤回，尽可能降低和消除不安全产品对消费者的伤害。
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